D’un grand intérêt biologique et écologique, les zones humides sont menacées. Travaux de restauration, accompagnement des agriculteurs et des chasseurs, sensibilisation des habitants par des animations… le Département participe à la gestion de plus de 1 200 hectares de terrains situés en zones humides.
Près de 67 % des zones humides métropolitaines ont disparu depuis le début du XXe siècle dont la moitié sur la période 1960-1990. Le constat est similaire à l’échelle mondiale mais également à l'échelle de l'estuaire de la Seine où ces milieux ne représentent plus que 14 200 ha. Ils demeurent toujours menacés tant en terme de surface qu’en terme d’état de conservation. Pourtant, tous les experts, nationaux et régionaux, s'accordent à dire que l'estuaire de la Seine constitue un site de grand intérêt biologique. Il recèle des zones humides remarquables, tant du point de vue des usages qui les façonnent que du point de vue du patrimoine écologique qui le compose.
Le Conservatoire du littoral est un établissement public national qui a pour objet de mener dans les cantons côtiers et les communes littorales, une politique foncière de sauvegarde de l’espace littoral, de respect des sites naturels et de l’équilibre écologique. Son action est étendue aux zones humides dans les départements côtiers comme dans le département de l'Eure qui comporte 5,4 km de côte.
Depuis 2003, le Département, avec le soutien financier de l'Agence de l'eau, porte une attention particulière sur ces zones humides. Il est gestionnaire des terrains acquis par le Conservatoire du littoral dans son périmètre d'intervention soit 1 285 ha en janvier 2014 :